Prof. Peter Nissen onderzoekt als hoogleraar Oecumenica de historische en actuele diversiteit binnen het wereldchristendom en de onderlinge betrekkingen tussen de verschillende christelijke stromingen. Hij is sterk geïnteresseerd in de actuele veranderingen in de religiositeit en in de relatie tussen nieuwe en oude (historische of traditionele) vormen van religiositeit en spiritualiteit in de westerse wereld. Bijzondere nadruk daarbij krijgt de veranderende omgang met de dood, in praktijken en opvattingen. Peter Nissen wordt daarnaast vaak geraadpleegd als duider van de kerkelijke actualiteit.
